Jan Bernard Szlaga, syn Jana i Heleny z domu Ściesińskiej, urodził się 24 maja 1940 roku w Gdyni, w domu przy ul. Kurpiowskiej 13. Ochrzczony został 2 czerwca 1940 roku przez ks. prob. Pawła Lubińskiego w kościele parafialnym Chrystusa Króla w Gdyni Małym Kacku. Ojciec, przed wojną pracownik Poczty Polskiej w Gdyni, pracował wówczas na kolei. Do pracy na poczcie w Gdyni, w ekspedycji telegramów, powrócił po zakończeniu II wojny światowej. Matka nigdy nie pracowała zawodowo. Był najmłodszym z sześciorga rodzeństwa (Tadeusz, Genowefa, Małgorzata i Maria; nie żył najstarszy syn, Kazimierz, zmarły we wczesnym niemowlęctwie). Rodzice zmarli w pierwszych "lubelskich" latach ks. Jana Szlagi – ojciec w roku 1967, a matka w 1971, wkrótce potem, w 1972, zmarł brat Tadeusz, były więzień łagru w Workucie, w 1997 zmarła najstarsza siostra Genowefa a w 2008 Małgorzata.
Do szkoły podstawowej uczęszczał w Gdyni ("Trzynastka") w latach 1947-1953. Po pierwszym roku nauczania uzyskał promocję do klasy III. Do I Komunii świętej przystąpił 26 czerwca 1949 roku w kościele parafialnym w Gdyni, a 8 października 1950 otrzymał sakrament bierzmowania z rąk biskupa Bernarda Czaplińskiego i przyjął nowe imię Kazimierz. Jeszcze przed I Komunią świętą zaczął służbę ministrancką; w ostatnich latach szkoły podstawowej ks. prob. Robert Rompa wyznaczył go na prezesa koła ministrantów. W życiu parafialnym aktywny był ojciec, wieloletni radny parafialny. Matka aktywnie uczestniczyła w kole Żywego Różańca.
Swoją "małą ojczyznę" Jan Bernard Szlaga wspomina w ten sposób: "Poeta nauczył nas serdecznego ukłonu w stronę ojczystej ziemi: »…ty jesteś jak zdrowie, / ile cię trzeba cenić, ten tylko się dowie, / kto cię stracił…«.
Tak wielu z nas musi opuścić rodzinne strony, swoją małą ojczyznę. Smutne jest to szczególnie wówczas, gdy na zawsze! Z jaką pieczołowitością ogląda się we wspomnieniach każdy szczegół historii małej ojczyzny, a kiedy się wraca, nie dość szybko można nadążyć za wszystkim co nowe. (…)
Mój kraj lat dziecinnych! On jest dla wszystkich zawsze piękny, radosny i święty. Uczyłem się wracać do swojego kraju lat dziecinnych, do mojej małej ojczyzny, od trzynastego roku życia poczynając. Od tamtego czasu zawsze chciałem zdążyć na Boże Narodzenie, Wielkanoc czy letnie zastępstwo w parafii. Od czerwca 1988 roku mogę być już tylko gościem w mojej małej ojczyźnie, jedynie wzrokiem wyobraźni przywołując kwitnące sady małokackiej kotliny, zieloną ścianę lasu tuż za nasypem kolejowym, budzącą respekt Białą Górę (bo choć niewysoka, dość kryje w sobie legendy), czy rzekę Kaczą, co to kiedyś naprawdę była rzeką, i szeroką, i czystą.
Moja mała ojczyzna to wspaniali ludzie. Sąsiedzi z dawnych i bliskich lat, krewni, bliscy przyjaciele, proboszcz-budowniczy, wielu dzielnych duszpasterzy. Wciąż są w tej ojczyźnie obecni rodzice, z którymi czas obszedł się zbyt surowo. Pamięć i cześć dla ludzi jest ponad czasem. Chyba nie przesadzają ludzie, kiedy mówią o wiecznej pamięci. Przynajmniej chcą takiej pamięci.
Moja mała ojczyzna to parafialny kościół. Jego budowa na nowo nas zjednoczyła w latach 1958-1959. Jest w tym kościele cząstka każdego z nas. Budowla z cegieł, stali, kamieni i betonu, i my – żywe kamienie (1 P 2,5). Kościół ma dary ożywiania kamieni: chrzcielnica, ołtarz, konfesjonał. Chrzest, I Komunia święta, Msza św. prymicyjna, kapłański jubileusz 25-lecia, prymicje biskupie…
Moja mała ojczyzna. Ile cię trzeba cenić! (…) »(ze Słowa wstępnego ks. bpa Jana Szlagi do książki ks. dra Jerzego Więckowiaka Gdynia Mały Kack, Gdynia 1990).
Po ukończeniu szkoły podstawowej w 1953 roku rozpoczął naukę w szkole średniej, najpierw w Collegium Leoninum w Wejherowie, gdzie ukończył klasę VIII i IX. Ogromnie dużo zawdzięcza nauczycielom tej szkoły, a mianowicie rektorowi, ks. Władysławowi Mówce, księżom Józefowi Rocławskiemu i Alfonsowi Żurkowi, a także inż. Stefanowi Koszarskiemu, nauczycielowi matematyki, fizyki i chemii. Ze szczególną wdzięcznością wspomina s. Tomeę Lis, zmartwychwstankę, nauczycielkę łaciny. Od roku 1955/56 był uczniem Collegium Marianum w Pelplinie. Grono profesorskie tej szkoły było już po części złożone z profesorów Wyższego Seminarium Duchownego. Uczyli więc: ks. Józef Grochocki, rektor, języka łacińskiego (wcześniej także ks. Józef Lewandowski), księża Szymon Dreszler, Roman Wiśniewski i Kazimierz Dąbrowski. 2 lutego 1956 roku swoją służbę kapłańską w Pelplinie zaczął ks. dr Jerzy Buxakowski (†2011), mianowany dyrektorem Collegium Marianum. Młody i dynamiczny wychowawca, przedtem prefekt gimnazjum żeńskiego w Brodnicy, zyskał bardzo szybko uznanie uczniów Collegium Marianum. Jana Szlagę, ucznia klasy XI, wyznaczył na seniora Collegium Marianum. Z profesorów tego czasu trzeba wspomnieć jeszcze p. Egona Tkaczyka i s. dr Hilarię Żepijównę, urszulankę z Gdyni, znakomitą polonistkę. Uczyła w Pelplinie tylko dwa lata, akurat w czasie pobytu Jana Szlagi w Collegium Marianum. W 1957 Jan Szlaga zdał w Pelplinie pierwszą maturę, prywatną, za którą uzyskał Nagrodę Rektora WSD. Był nią cenny i wówczas trudno osiągalny Mszał Rzymski, tzw. Benedyktyński, do którego ks. Grochocki wpisał taką dedykację: "Debemus orare non in missa, sed missam": Joanni Szlagae occasione eminentis eventus eius probationis humanisticae… Pelplini, a.d. XIII Kal. Julias AD MCMLVII. Joseph Grochocki, rector Seminarii Clericorum. (“Powinniśmy się modlić nie we Mszy, ale Mszą świętą"… z okazji wybitnego wyniku jego matury humanistycznej… 20 maja 1957). W czasie studiów w Wyższym Seminarium Duchownym, w roku 1959, po ukończeniu klasy XI w Korespondencyjnym Liceum Ogólnokształcącym w Gdańsku ("Topolówka"), zdał maturę państwową.
Z wielu wydarzeń życia seminaryjnego godne uwagi są następujące: 13 listopada 1958 roku, w dniu św. Stanisława Kostki (według ówczesnego kalendarza liturgicznego), przywdział sutannę; 26 listopada 1959 roku przyjął pierwszą tonsurę z rąk biskupa Kazimierza Józefa Kowalskiego. On też, ordynariusz diecezji, udzielił Janowi Szladze wszystkich święceń, niższych i wyższych – 7 marca 1960 ostiariatu i lektoratu, 7 marca 1961 egzorcystatu i akolitatu, 22 grudnia 1962 subdiakonatu, a 9 marca 1963 roku diakonatu. Szczególnym zainteresowaniem alumna Jana Szlagi cieszyły się wykłady z liturgiki i dogmatyki, dalej język łaciński i grecki, wykłady z Pisma Świętego, ale zdecydował się na udział w seminarium prawa kanonicznego, prowadzonym przez ks. kan. dra Pawła Müllera. Na ostatnich latach studiów seminaryjnych pełnił, razem z Henrykiem Pilackim, funkcję prefekta rytu (dziś byłoby – ceremoniarza).
2 czerwca 1963 roku, uzyskawszy dyspensę od wieku, przyjął święcenia kapłańskie, odprawił Mszę świętą prymicyjną w Gdyni Małym Kacku, po czym pracował jako wikariusz w Łęgu (VII - VIII 1963) i w Jabłonowie Pomorskim (1963-1965).
Dnia 1 października 1965 roku zaczął studia specjalistyczne z zakresu biblistyki na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, gdzie w 1968 roku uzyskał tytuł magistra teologii oraz stopień licencjata teologii w zakresie nauk biblijnych. W 1970 roku uzyskał stopień doktora teologii w zakresie nauk biblijnych. Promotorem obydwu prac, wyróżnionych Nagrodą Rektora KUL, był ks. prof. Feliks Gryglewicz. Rok wcześniej, 1 września 1969, na wniosek ks. prof. Stanisława Łacha, zaczął asystenckie studia przygotowawcze i został zaangażowany na stanowisku redaktora merytoryczno-leksykograficznego w redakcji "Encyklopedii Katolickiej", wydawanej przez KUL, a 1 października 1970 roku, pozostając w redakcji EK, rozpoczął zajęcia dydaktyczne, zaangażowany na stanowisku asystenta na Wydziale Teologicznym KUL, gdzie przeszedł kolejno wszystkie stopnie angażu naukowego – od asystenta, przez starszego asystenta do adiunkta. W roku akademickim 1972/73 odbył studia specjalistyczne na Papieskim Instytucie Biblijnym w Rzymie, na podstawie których uzyskał stopień licencjata nauk biblijnych, formalnie przyznany w styczniu 1974, po złożeniu, już po powrocie do kraju i po przyjęciu pracy pisemnej, przepisanego wyznania wiary. W roku 1976 habilitował się na Wydziale Teologicznym KUL na podstawie rozprawy "Nowość przymierza Chrystusowego według Listu do Hebrajczyków" (wyszła drukiem w Lublinie w 1979 i uzyskała Nagrodę Rektora KUL), po czym w 1979 roku został powołany na stanowisko docenta i kierownika Katedry Egzegezy Ksiąg Narracyjnych Nowego Testamentu. W 1983 roku został powołany na stanowisko profesora w tejże Katedrze i uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego. Wcześniej, w roku 1977, został mianowany profesorem egzegezy NT (kwestie wybrane) w Wyższym Seminarium Duchownym w Pelplinie. W 1987 roku był przez dwa miesiące stypendystą Katolickiego Uniwersytetu w Leuven.
Od roku 1971 należy do Towarzystwa Naukowego KUL, od roku 1983 jako członek czynny. W roku 1985 został przyjęty do Studiorum Novi Testamenti Societas.
Na KUL-u pełnił różne funkcje administracyjne. Był wicedyrektorem Konwiktu Księży Studentów KUL (1975-1983), następnie od 1983 roku dyrektorem tegoż Konwiktu. Przed odejściem z Lublina zdołał uzyskać pozytywną decyzję na rozbudowę Konwiktu, która rozpoczęła się już wiosną 1989 roku. W latach 1979-1981 był prodziekanem Wydziału Teologicznego, a w 1981-1984 jego dziekanem, po czym w 1984 roku został wybrany na prorektora KUL (ponownie wybrany w 1986). Również w 1984 roku został mianowany kapelanem honorowym Jego Świętobliwości. Ze względu na pracę wśród młodzieży inwigilowany przez Służbę Bezpieczeństwa (w Lublinie jego sprawy prowadził niejaki Wituch z SB), kilkakrotnie wzywany był do stawienia się w Urzędzie do Spraw Wyznań (zwłaszcza u panów Kotowskiego i Stekkera).
W latach 1969-1988 pracował w zespole redakcyjnym "Encyklopedii Katolickiej", a w latach 1981-88 był członkiem jej redakcji naczelnej. Przez jeden semestr, od lutego 1988 roku, był członkiem kolegium redakcyjnego "Ethosu", wydawanego przez KUL-owski Instytut Jana Pawła II. Uczestniczył w pracach wielu komisji KUL, m.in. przewodniczył komisji stypendialnej, komisji kontrolnej, komisjom rekrutacyjnym. Przez wiele lat był sekretarzem generalnym Towarzystwa Przyjaciół KUL.
Podczas wakacji i ferii służył pomocą duszpasterską w swojej rodzinnej parafii – głosił Słowo Boże i spowiadał.
26 maja 1988 roku został prekonizowany na biskupa tytularnego maskulitańskiego i pomocniczego chełmińskiego. Bullę nominacyjną podpisał papież Jan Paweł II dnia 13 czerwca 1988 roku, sama zaś nominacja została ogłoszona przez Radio Watykańskie 11 czerwca 1988 roku; biskupami konsekratorami byli kardynał Józef Glemp, Prymas Polski, abp Francesco Colasuonno, Nuncjusz Apostolski do Spraw Specjalnych Poruczeń, bp Marian Przykucki, ordynariusz chełmiński. Na zawołanie biskupie wybrał hasło "Parare vias Domini", słowa z Benedictus o św. Janie Chrzcicielu.
Po przyjęciu sakry biskupiej, zajęcia dydaktyczne na KUL-u zachował w wymiarze pół etatu, natomiast rozszerzył zakres wykładów w Wyższym Seminarium Duchownym w Pelplinie (Wstęp do Ewangelii, Nowy Testament, język łaciński, seminarium magistranckie). Pozostał też nadal współpracownikiem redakcji "Encyklopedii Katolickiej", odpowiedzialnym głównie za dział archeologii biblijnej (do roku 1996). W roku akademickim 1991/92 podjął jako profesor zwyczajny wykłady monograficzne z symboliki biblijnej na Wydziale Filologiczno-Historycznym Uniwersytetu Gdańskiego (od roku 1992/93 jako półetat). Współpraca ta trwała 10 lat. Nadto prowadził okolicznościowe zajęcia i wykłady na UKSW, Papieskim Wydziale Teologicznym we Wrocławiu, Poznaniu, Białymstoku, Katowicach. Nadal jest zapraszany jako recenzent (także promotor) rozpraw doktorskich i habilitacyjnych na KUL, UKSW, UG, PAT, UMK. Pracę dydaktyczną na KUL-u zakończył 30 września 1995 roku, czyli po 25 latach.
Jako wikariusz generalny w diecezji chełmińskiej miał pod nadzorem sprawy nauki katolickiej, katechizacji; przewodniczył radzie programowej Wydawnictwa Diecezjalnego i wielu komisjom diecezjalnym; kierował diecezjalnymi zespołami II Polskiego Synodu Plenarnego. W ramach Konferencji Episkopatu Polski był członkiem Komisji Duszpasterstwa Rodzin, Komisji Duszpasterstwa Akademickiego, Komisji do Spraw Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego i Komisji do Spraw Ekumenizmu. W Adwencie 1992 głosił rekolekcje księżom biskupom zebranym na Jasnej Górze. W roku 1995 został członkiem Komisji do Spraw Liturgii i przewodniczącym sekcji służby liturgicznej. Po reorganizacji struktur Konferencji Episkopatu Polski został 2 maja 1996 wybrany na 5 lat na przewodniczącego Rady Naukowej Konferencji Episkopatu Polski. Był także członkiem Rady do Spraw Ekumenizmu Konferencji Episkopatu Polski, a nadto (od 1997 do 2005) uczestniczył w pracach Komisji do Spraw Dialogu pomiędzy Konferencją Episkopatu Polski a Polską Radą Ekumeniczną. Wybrany w 1996 roku do Rady Programowej Radia Maryja, wycofał się z niej w 1998 roku.
Dnia 19 marca 1992 roku Jan Bernard Szlaga został prekonizowany na pierwszego biskupa diecezjalnego pelplińskiego; nominacja ta została ogłoszona 25 marca 1992 roku. Rządy w nowo powstałej diecezji pelplińskiej objął 29 marca 1992 roku. Uroczysty ingres do Bazyliki katedralnej w Pelplinie odbył 24 maja 1992 roku.
Jako biskup diecezjalny dokonał niezbędnych zmian personalnych na kluczowych stanowiskach – w Seminarium Duchownym i w Kurii Diecezjalnej. Przeprowadził reformę administracji diecezji w ramach dekanatów, ustanowił nowe parafie, błogosławił i poświęcał nowe kościoły, utworzył Kapitułę Kartuską i Koronowską. Zwołał I Synod Diecezji Pelplińskiej zakończony w roku 2000. Zwołał i przeprowadził diecezjalny Kongres Eucharystyczny (1993), diecezjalny Kongres Trzeźwości (1994) i diecezjalny Kongres Różańcowy (1998). Wysłał większą liczbę księży na studia w kraju i za granicą, aby przygotować obsadę urzędów diecezjalnych i stanowisk profesorskich w Seminarium. Powołał do istnienia Katolicką Rozgłośnię Diecezji Pelplińskiej Radio "Głos".
Zainicjował proces beatyfikacyjny kapłanów-męczenników okresu II wojny światowej, na etapie diecezjalnym zakończony 24 maja 2011 r.
Biskup Jan Bernard Szlaga ze szczególną gorliwością zabiega o piękno, a co najmniej o poprawność sprawowania liturgii.
Dbałość o stan materialny Kościoła diecezjalnego wyraża się przede wszystkim w trosce o Bazylikę katedralną. Pod patronatem Biskupa przeprowadzono renowację wnętrza Bazyliki i krużganków, całkowicie odnowiono strefę ołtarzową. Dzieło renowacji, szczęśliwie rozpoczęte już w roku 1993 i w zasadzie zakończone w roku 2000, dopełnia się obecnie nowymi projektami , takimi jak nowe nagłośnienie, odnowienie i uzupełnienie ławek dla wiernych i stall kleryckich, nadto porządkowanie otoczenia Bazyliki, jak również specjalistyczne oświetlenie świątyni. Wszystkie te działania wysoko oceniła Kapituła Konserwatorów Wojewódzkich, którzy w roku 2004 jednomyślnie przyznali ks. biskupowi Szladze tytuł Conservator Ecclesiae.
W Seminarium, obok zwyczajnych remontów, dokonano całkowitej wymiany systemu ogrzewania i przebudowano strefę ołtarzową w kaplicy Świętej Barbary oraz unowocześniono jej wystrój. Opracowano nowy statut Seminarium Duchownego. Biskup Diecezjalny wznowił tradycję uroczystego obchodu dnia św. Tomasza z Akwinu.
W diecezji ożywił kontakty z księżmi przez spotkania formacyjne i poprzez kolędy dekanalne. W Pelplinie biskup Jan Bernard Szlaga z okazji Bożego Narodzenia spotyka się z każdym księdzem. Zarządził jako obowiązkowe coroczne rekolekcje kapłańskie i comiesięczne dni skupienia w dekanatach. Instytut Duszpasterstwa Sakramentalnego przekształcił w Instytut Formacji Kapłańskiej, który patronuje wszystkim pokoleniom księży. W Pelplinie wznowił tradycję dni skupienia kapłanów pelplińskich. Biorąc pod uwagę realną sytuację i wszystkie możliwe okoliczności, po przedstawieniu sprawy Ojcu Świętemu, odstąpił od afiliacji Wyższego Seminarium Duchownego do Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Laterańskiego, poszerzając współpracę z Wydziałem Teologii KUL, a następnie z Wydziałem Teologicznym UMK. Nadto powołał kolegia teologiczne do kształcenia katechetów. Erygował dom dla księży emerytów im. Biskupa Kazimierza Józefa Kowalskiego w Pelplinie (1996), a potem w 2011 r. w Chojnicach. W 1998 roku połączył Wydawnictwo Diecezjalne i Wydawnictwo Wyższego Seminarium Duchownego "Bernardinum", w wyniku czego powstała nowa oficyna – Wydawnictwo Diecezji Pelplińskiej "Bernardinum". Powołał do istnienia uniwersytety ludowe w Chojnicach, Starogardzie, Karolewie. Utworzył w diecezji licea katolickie w Tczewie, Lęborku, Chojnicach, Kartuzach i Świeciu. W Pelplinie z wielkim rozmachem rozpoczął odbudowę Collegium Marianum, od 2000 roku czynnego jako liceum męskie z internatem. Piękną wizytówką Diecezji jest nowa Biblioteka Diecezjalna, otwarta w roku 2009.